Il Palazzo Pretorio, imponente struttura medievale che domina Piazza del Comune, ospita dal 1912 la Galleria Comunale (creata nel 1858 nel vicino Palazzo del Comune), ai piani superiori. Il complesso è in fase di ristrutturazione dal 1998 per realizzare il nuovo Museo Civico, e le raccolte sono solo in parte visibili (la pittura dal XIV agli inizi XVI secolo, esposta nella mostra I Tesori della Città, nel Museo di Pittura Murale in San Domenico).Diamo qui cenni sull'allestimento precedente ai lavori.
Nel vasto salone trecentesco del Tribunale (con affreschi e bel soffitto ligneo) e nelle salette del primo piano erano ospitati tra l'altro il delicato Tabernacolo del Mercatale (1498), di Filippino Lippi, e una serie di pale d'altare del XVIII secolo (di Poppi, Bilivert, Naldini, Poggini, Balassi, Tenetti e Ferretti). Cuore della raccolta era il Salone del II piano, con capolavori provenienti da chiese e enti pii pratesi: di Bernardo Daddi un polittico e la preziosa predella con Storie della Cintola (1337-8); uno splendido polittico di Giovanni da Milano (1355-60), e quelli di Lorenzo Monaco e Andrea di Giusto. Tra le pale rinascimentali varie opere di Filippo Lippi e bottega: la nota Pala del Ceppo (1453), dove è raffigurato il mercante Datini e i Buonomini dell'ente o la raffinata Adorazione del Bambino (1465 ca). E inoltre la Madonna col Bambino e santi (1503) di Filippino Lippi, dipinti di Francesco Botticini e Raffaellino de'Carli e a un tondo del Signorelli e bottega. Tra le opere plastiche notevole è la lunetta col S. Antonio abate, di Andrea Della Robbia.
La pittura del Sei -Settecento, col pregevole nucleo della Quadreria Martini, era esposta nelle salette minori: l'eccezionale Noli me tangere di Battistello Caracciolo, tele caravaggesche, nature morte napoletane e fiamminghe, soggetti mitologici, vedute. Il museo ospitava inoltre una serie di gessi di Lorenzo Bartolini (1777-1850), tra i quali la celebre Fiducia in Dio, dipinti e disegni di artisti pratesi dell'Ottocento (Ciardi, Marini, Franchi) e la donazione Tintori (opere di Cecco Bravo, Mehus, Lorenzo Lippi).